Analisis urutan DNA dan RNA di browser
Penganalisis urutan nukleotida komprehensif gratis. Tempel DNA atau RNA — dapatkan komplemen balik, translasi di semua 6 frame, open reading frame dengan kodon start alternatif, peta situs restriksi, penilaian primer, dan statistik kodon. Perhitungan dilakukan di browser Anda.
Cara menganalisis urutan DNA
Tempel DNA atau RNA, seret file FASTA ke kolom teks, atau unggah dengan tombol. Mendukung urutan hingga 1.000.000 nukleotida.
Beralih antar tab: komplemen balik, translasi, ORF, restriksi, primer, kodon. Setiap tab dihitung ulang secara instan.
Salin bagian mana pun dari hasil ke clipboard atau unduh urutan dalam FASTA, dan peta restriksi — dalam CSV.
Lakukan translasi di 6 frame, temukan ORF, petakan restriksi, dan periksa primer
Tampilkan protein
Fitur
Pertanyaan umum
Format apa yang didukung?
Teks DNA atau RNA biasa, FASTA dengan header >, urutan multi-baris. Kode ambiguitas IUPAC dikenali (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N). Spasi, angka, dan header dihapus otomatis.
Enzim apa yang disertakan dalam peta restriksi?
Lebih dari 650 enzim restriksi tipe II, dengan sekitar 80 enzim umum ditampilkan secara default; alihkan ke «Semua enzim» untuk melihat basis data lengkap berbasis REBASE.
Bagaimana Tm primer dihitung?
Dengan metode nearest-neighbor menggunakan parameter termodinamika SantaLucia (1998). Kondisi: 50 nM oligonukleotida, 50 mM Na+, tanpa Mg2+. Akurasi ±1°C untuk primer tipikal dengan panjang 18–30 nt.
Apa perbedaan Tm di header dengan Tm primer?
Di header untuk pendek (< 14 nt) digunakan aturan Wallace (2°C·AT + 4°C·GC), untuk 14–50 nt — rumus berbasis GC%. Untuk urutan panjang Tm tidak ditampilkan. Pada tab «Primer» digunakan nearest-neighbor yang lebih akurat.
Bagaimana ORF ditemukan?
Semua 6 frame dipindai (3 maju + 3 balik). ORF adalah daerah dari kodon start (ATG; di mitokondria juga ATA/ATT/GTG; di bakteri — GTG/TTG) hingga kodon stop terdekat. Panjang minimum dapat disesuaikan.
Apakah urutan disimpan di server?
Analisis dilakukan di browser. Kami hanya mengumpulkan statistik penggunaan anonim (misalnya, fakta klik «Analisis» dan panjang urutan) — tanpa isinya.
Kami bisa — dan gratis! Kirim pesan singkat dengan ide Anda. Jika ingin diskusi lebih detail, tinggalkan email dan kami akan menghubungi Anda. Bisa anonim.
