Análise de sequências de DNA e RNA no navegador
Analisador gratuito e completo de sequências de nucleotídeos. Cole DNA ou RNA — obtenha o complemento reverso, tradução em todos os 6 frames, open reading frames com códons de início alternativos, mapa de sítios de restrição, avaliação de primers e estatísticas de códons. Os cálculos são executados no seu navegador.
Como analisar uma sequência de DNA
Cole DNA ou RNA, arraste um arquivo FASTA para o campo de texto ou carregue-o pelo botão. Suporta sequências de até 1.000.000 de nucleotídeos.
Alterne entre as abas: complemento reverso, tradução, ORFs, restrição, primers, códons. Cada aba é recalculada instantaneamente.
Copie qualquer parte do resultado para a área de transferência ou baixe a sequência em FASTA e o mapa de restrição em CSV.
Traduza em 6 frames, busque ORFs, mapeie restrição e avalie primers
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Recursos
Perguntas frequentes
Quais formatos são suportados?
Texto simples de DNA ou RNA, FASTA com cabeçalhos >, sequências multilinhas. Códigos de ambiguidade IUPAC (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N) são reconhecidos. Espaços, números e cabeçalhos são removidos automaticamente.
Quais enzimas estão incluídas no mapa de restrição?
Mais de 650 enzimas de restrição tipo II, com cerca de 80 comuns exibidas por padrão; alterne para «Todas as enzimas» para ver a base de dados completa derivada do REBASE.
Como a Tm do primer é calculada?
Pelo método do vizinho mais próximo (nearest-neighbor) com parâmetros termodinâmicos de SantaLucia (1998). Condições: 50 nM de oligonucleotídeo, 50 mM de Na+, sem Mg2+. Precisão de ±1°C para primers típicos de 18–30 nt.
Qual a diferença entre a Tm do cabeçalho e a Tm do primer?
No cabeçalho, para curtos (< 14 nt) usa-se a regra de Wallace (2°C·AT + 4°C·GC); para 14–50 nt, fórmula baseada em GC%. Para sequências longas, a Tm não é informada. Na aba «Primers» é usado o método nearest-neighbor, mais preciso.
Como as ORFs são encontradas?
Todos os 6 frames são varridos (3 diretos + 3 reversos). Uma ORF é o trecho entre um códon de início (ATG; em mitocôndrias também ATA/ATT/GTG; em bactérias — GTG/TTG) e o códon de parada mais próximo. O comprimento mínimo é configurável.
A sequência é armazenada no servidor?
A análise é executada no navegador. Coletamos apenas estatísticas de uso anônimas (por exemplo, o fato de ter sido clicado «Analisar» e o comprimento da sequência) — sem o conteúdo em si.
Podemos — e é grátis! Envie uma mensagem rápida com sua ideia. Se quiser discutir em detalhes, deixe seu email e entraremos em contato. Pode ser anônimo.
