تحليل تسلسلات DNA و RNA في المتصفح

نص DNA أو RNA عادي، FASTA بعناوين >، تسلسلات متعددة الأسطر. تُتعرَّف رموز الغموض IUPAC (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N). تُزال الفراغات والأرقام والعناوين تلقائياً.

أكثر من 650 إنزيم تقييد من النوع الثاني، مع عرض نحو 80 إنزيماً شائعاً افتراضياً؛ بدّل إلى «جميع الإنزيمات» لرؤية قاعدة البيانات الكاملة المستمدة من REBASE.

بطريقة الجار الأقرب (nearest-neighbor) بمعاملات الديناميكا الحرارية لـ SantaLucia (1998). الشروط: 50 nM أوليغو، 50 mM Na+، بدون Mg2+. الدقة ±1°C للبادئات النموذجية بطول 18–30 نيوكليوتيد.

في الترويسة، تُستخدم قاعدة Wallace للتسلسلات القصيرة (< 14 نت) (2°C·AT + 4°C·GC)، وصيغة تعتمد على GC% لـ 14–50 نت. لا تُحسب Tm للتسلسلات الطويلة. في علامة «البادئات» تُستخدم طريقة الجار الأقرب الأكثر دقة.

تُمسح جميع الأُطر الستة (3 أمامية + 3 عكسية). ORF هو منطقة من كودون بدء (ATG؛ وفي الميتوكندريا أيضاً ATA/ATT/GTG؛ في البكتيريا — GTG/TTG) إلى أقرب كودون توقف. الحد الأدنى للطول قابل للتخصيص.

يُنفَّذ التحليل في المتصفح. نجمع فقط إحصائيات استخدام مجهولة الهوية (مثل حدث النقر على «تحليل» وطول التسلسل) — دون المحتوى نفسه.