Анализ ДНК и РНК последовательностей в браузере
Бесплатный комплексный анализатор нуклеотидных последовательностей. Вставьте ДНК или РНК — получите обратный комплемент, трансляцию во всех 6 рамках, открытые рамки считывания с альтернативными старт-кодонами, карту сайтов рестрикции, оценку праймеров и статистику кодонов. Расчёты выполняются в вашем браузере.
Как анализировать ДНК последовательность
Вставьте ДНК или РНК, перетащите FASTA-файл в текстовое поле или загрузите его кнопкой. Поддерживаются последовательности до 1 000 000 нуклеотидов.
Переключайтесь между вкладками: обратный комплемент, трансляция, ORF, рестрикция, праймеры, кодоны. Каждая вкладка пересчитывается мгновенно.
Копируйте любую часть результата в буфер обмена или скачивайте последовательность в FASTA, а карту рестрикции — в CSV.
Транслируйте в 6 рамках, ищите ORF, картируйте рестрикцию и проверяйте праймеры
Показать белок
Особенности
Частые вопросы
Какие форматы поддерживаются?
Простой текст ДНК или РНК, FASTA с заголовками >, многострочные последовательности. Распознаются коды неоднозначности IUPAC (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N). Пробелы, числа и заголовки удаляются автоматически.
Какие ферменты включены в карту рестрикции?
Более 650 рестриктаз типа II с сайтами узнавания и координатами разрезов. По умолчанию показываются ~80 наиболее используемых (EcoRI, BamHI, HindIII, NotI, XhoI, SalI и др.); переключатель «Все ферменты» открывает полную базу с редкими изошизомерами.
Как рассчитывается Tm праймера?
Методом ближайших соседей (nearest-neighbor) с термодинамическими параметрами SantaLucia (1998). Условия: 50 нМ олигонуклеотида, 50 мМ Na+, без Mg2+. Точность ±1°C для типичных праймеров длиной 18–30 нт.
Чем отличается Tm в шапке от Tm праймера?
В шапке для коротких (< 14 нт) используется правило Wallace (2°C·AT + 4°C·GC), для 14–50 нт — формула на основе GC%. Для длинных последовательностей понятие Tm не указывается. На вкладке «Праймеры» используется более точный nearest-neighbor.
Как находятся ORF?
Сканируются все 6 рамок (3 прямых + 3 обратных). ORF — участок от старт-кодона (ATG; в митохондриях также ATA/ATT/GTG; у бактерий — GTG/TTG) до ближайшего стоп-кодона. Минимальная длина настраивается.
Сохраняется ли последовательность на сервере?
Анализ выполняется в браузере. Мы собираем только обезличенную статистику использования (например, факт нажатия «Анализировать» и длину последовательности) — без самого содержимого.
Мы можем! И это бесплатно. Просто отправьте нам сообщение с вашим пожеланием. Если хотите обсудить детали — оставьте свою почту, и мы с вами свяжемся. Можно анонимно.
