Analiza secuencias de ADN y ARN en tu navegador

Texto plano de ADN/ARN, FASTA con cabeceras > y secuencias de varias líneas. Se reconocen códigos de ambigüedad IUPAC (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N). Espacios, números y cabeceras se eliminan automáticamente.

Más de 650 enzimas de restricción de tipo II con sitios de reconocimiento y posiciones de corte. Por defecto se muestran las ~80 más usadas (EcoRI, BamHI, HindIII, NotI, XhoI, SalI y demás); cambia a "Todas las enzimas" para la base completa derivada de REBASE con isoesquizómeros raros.

Mediante el método termodinámico nearest-neighbor con parámetros SantaLucia (1998). Condiciones: 50 nM de oligo, 50 mM de Na+, 0 mM de Mg2+. Precisión de ±1°C para primers típicos de 18-30 nt.

La cabecera usa Wallace (2°C·AT + 4°C·GC) para cortas (<14 nt) y una fórmula basada en GC% para 14-50 nt; secuencias más largas omiten Tm. La pestaña Primer usa el método más preciso de nearest-neighbor.

Se escanean los 6 marcos (3 directos + 3 del complemento inverso). Un ORF va desde un codón de inicio (ATG; mitocondrial también ATA/ATT/GTG; bacteriano también GTG/TTG) hasta el siguiente stop. La longitud mínima es configurable.

El análisis de secuencias se ejecuta en tu navegador con JavaScript — la herramienta parsea entradas FASTA, traduce codones y mapea sitios de restricción en tiempo real.